系统纳入200mm的筒镜配合独有的60mm物镜齐焦距离以及25mm大口径螺纹口物镜从而达到一个新性能标准的系统。这一设计创新的优点是使工作物镜利用率达到最大，从而获得更加清晰观察特征明显的图像。此外，这一极大的光学优点，还能有助于在落射荧光显微镜对比度的改进的水平场主要因素，获得更加清晰的荧光图像。

正置双层光路模块化设计：尼康专有的层结构可以在Ni-E一台显微镜上同时安装两条光路，以支持各种进阶的应用。该结构支持双层安装落射荧光照明器和发射滤光片转盘，或光活化单元和后端口单元，这是第一次为正置显微镜开发。

光学性能：凭借尼康专有的纳米水晶涂层技术和435 nm至850 nm的色差校正，具有极高的数值孔径，在长波长范围内的透射率大大提高，这些物镜不仅适用于明场和DIC观测，也适用于荧光观测。这它们的高效透过率意味着可以使用最少的激发光来减少对样品的光损伤。

复眼技术：尼康显微镜独有的内置的“复眼”透射可确保在任何放大倍率下整个边缘视野均匀明亮的照明，从而获得明暗色彩均一的图像。

高信噪比荧光图像：Ni-E显微镜配有尼康专有的噪声终结器机制用于落射荧光滤光块转盘和滤光块中。通过消除滤光块中的杂散光，可以显著提高信噪比，从而可以以高对比度和亮度捕获具有弱荧光信号的图像。