可以定性、定量分析细胞膜、细胞质和细胞核中的各种细胞成分，而且可以研究细胞的各种功能状态（如细胞增殖、细胞凋亡、细胞分化、酶活性、细胞膜通透性、氧化还原状态、吞噬性等）。并且可对群体细胞在单细胞水平进行分析，在短时间内检测分析大量细胞，并收集、储存和处理数据，对同一个细胞进行多参数多角度定性定量分析。